基础医学部形态学实验中心始建于1998年，占地总面积约3200平方米,是我校医学形态学教学的实验基地。中心包括教学实验室14个，标本陈列室3个，BSL-Ⅱ生物安全实验室1个以及播控室、高压灭菌室等实验教学辅助实验室。教学实验室搭建有造价300余万元的形态学数字化教学平台，配备有多媒体投影、教师数码显微镜、学生显微镜、生物安全柜等仪器设备，拥有形态学教学切片万余张，胚胎学标本111件,病理学标本267件,微生物和寄生虫标本102件，设备总计超过2400台件，总价值约1000余万元。

形态学实验中心先后被评为校级、省级实验教学示范中心，多次获得校级“先进集体”，2017年被全国基础医学形态学实验室主任联席会授予“全国基础医学形态学标准化实验室”。2017、2018年分别获得校级“优秀教学成果特等奖”和“省级优秀教学成果一等奖”。形态学实验中心教师分别获得“校级年度考核优秀”、“校级职业道德建设优秀个人”奖项及“互联网+”大赛校级铜奖、优秀奖等多项竞赛奖项。

形态学实验中心主要承担全校19个专业本科学生的《组织学与胚胎学》、《病理学》、《医学免疫学》、《医学微生物学》、《人体寄生虫学》、《医学遗传学》、《医学细胞生物学》、《医学生物学》、《医学形态实验学》等9门课程的实验教学任务。开展的实验项目总计为91个，其中验证性实验项目79个，综合性实验项目12个，综合性实验项目所占比率13%。实验学生人数每年可达12568人，每年人时数可达216180，每学年平均完成实验教学任务约8000余学时。

形态学实验中心现有实验技术人员5人，硕士学位3人，高级职称1人。实验教师57人，其中高级职称教师占比57%，博士学位教师占比73%，硕士学位教师占比21%。